Onderzoekstages

Stageprojecten

• Bacteriële interactie in dual-species biofilms

  De sectie Preventieve Tandheelkunde is vooral geïnteresseerd in de rol van bacteriën en interacties tussen bacteriën in parodontitis en cariës. De betrokken pathogenen en hun interacties met commensale bacteriën worden bestudeerd door middel van moleculaire technieken.

  Onlangs is ontdekt dat in de mondholte tienduizenden soorten bacteriën aanwezig kunnen zijn die in biofilms groeien. Het is bekend dat strikt anaërobe bacteriën zoals Fusobacterium nucleatum en Porphyromonas gingivalis betrokken zijn bij parodontitis, terwijl facultatief anaërobe bacteriën zoals Streptococcus mutans betrokken zijn in ontwikkeling van cariës. Niet alle soorten bacteriën in de biofilm zijn pathogeen. Commensale bacteriën verwijzen naar de soorten bacteriën die gunstig zijn voor de mondgezondheid. Wij willen de interactie tussen de pathogene en commensale bacteriën in een in vitro biofilm-model bestuderen. Factoren die deze interactie beïnvloeden zullen ook bestudeerd worden.

  Uit eerder onderzoek bleek dat in de voor cariës belangrijke pathogeen S. mutans biofilm formatie en resistentie tegen antimicrobiële middelen stamafhankelijk zijn. In dit project zal de invloed van commensale bacteriën op de biofilmvorming van verschillende S. mutans-stammen bestudeerd worden d.m.v. microscopie. GFP (fluorescent) labelen van bacteriën en live/dead-staining zullen gebruikt worden om de interacties in de biofilm te visualiseren.

  Doel

  Het doel van dit project is

  1. Aanpassing van het in vitro model voor biofilm visualisatie
  2. Constructie van verschillende fluorescent (GFP) gelabelde bacteriën.
  3. Visualisatie van bacteriële interacties d.m.v. microscopie.
     

  Techniek

  Technieken die gebruikt worden, zijn:

  • PCR
  • klonering
  • electro-transformatie
  • anaërobe kweektechnieken
  • epifluorescerente microscopie
  • CSLM, etc.
    

  Contact

  Dongmei Deng, via: d.deng@acta.nl

• Een potentiele biomarker voor gunstig gastheer-bacterie commensalisme

  Skin-derived anti-leukoproteinase (SKALP), ook bekend als elafine of ESI, is een krachtige  remmer van humaan leukocyt elastase en elastase afkomstig van varkensalvleesklieren. Het lijkt erop dat SKALP verscheidene beschermende functies heeft, omdat het eiwit is gevonden bij humane epidermis. Het zou het epitheel kunnen beschermen tegen de afbraak van de extracellulaire matrix ten gevolge van de migratie van PMN’s en mononucleaire cellen; het zou een rol kunnen spelen bij het in stand houden van de epidermis; het zou betrokken kunnen zijn bij de regulatie van cel cyclus en het zou onderdrukt kunnen zijn in carcinomen.

  ACTA heeft onlangs ontdekt dat de expressie van SKALP in de epidermis verhoogde in een organotypisch cel model na blootstelling aan een commensale biofilm. Deze biofilm was gevormd door condities die een gezonde orale omgeving simuleren. We willen graag verder onderzoeken of er verband bestaat tussen de expressie van elafine in orale epitheel cellen en de pathogeniteit van de orale biofilm.

  Doel

  Het doel van dit project is: 

  1. Een simpel model opzetten om de rol van SKALP in een gastheer-micro-organisme interactie te bestuderen met behulp van een monolayer van orale epitheelcellen; 
  2. Onderzoeken in hoeverre de expressie van SKALP in orale epitheelcellen verschilt als gevolg van de blootstelling aan pathogene of commensale biofilms.

  Technieken

  Technieken die gebruikt worden, zijn:

  • Celkweek
  • ELISA
  • Immunokleuring
  • Microscopie
  • Real-time PCR
  • RNA isolatie
  • Anaerobe bacterie kweek
  • Biofilm formatie.

  Contact

  Dongmei Deng, via: d.deng@acta.nl